Фамилия Мальханов образована от личного имени или прозвища Мальхан. В основе лежит слово «мальхан», которое в тверских говорах означало «овца, баран». Называя ребёнка Мальханом, родители следовали древней славянской традиции мирских имён: через имя старались «вписать» младенца в природу, чтобы она приняла его как своего и наделила качествами животного — например, спокойствием и выносливостью.

Но есть и другая версия, не менее интересная. В рязанских говорах «мальхан» — это знахарь, лекарь, который лечит мазями от разных болезней, а иногда и просто обманщик, выдающий себя за врача. Если фамилия пошла от такого прозвища, то первый Мальханов был потомком деревенского целителя или человека, промышлявшего народной медициной.

Словообразовательная модель проста: суффикс -ов указывает на принадлежность («чей?»), то есть Мальханов — «сын Мальхана» или «потомок Мальхана». Фамилия редкая, её географическая привязка — преимущественно центральные и северные области России, где встречались оба диалектных слова. В официальных документах фамилия не меняла формы, так как уже в XIX веке закрепилась в стандартном патронимическом виде.