Фамилия Мальханова образована от мужского имени или прозвища Мальхан. Здесь интересно то, что слово «мальхан» имело совершенно разные значения в зависимости от местности. В тверских говорах так называли овцу или барана — имя давали ребёнку как оберег, чтобы природа приняла его за своего и передала ему качества этого животного. В рязанских говорах «мальхан» означал знахаря, который лечит или обманывает мазями от всех болезней. В этом случае прозвище указывало на профессию предка — лекаря или народного целителя.

Женская форма Мальханова — вариант от фамилии Мальханов, которую носил мужчина. Обе фамилии образованы по стандартной русской модели с суффиксом -ов, указывающим на принадлежность: «чей?» — Мальханов, то есть сын или потомок Мальхана. Встречаемость фамилии невысока, что говорит об её локальном происхождении — скорее всего, родословная ведёт из Тверской или Рязанской губерний.

Разбор корня показывает, что перед нами не церковное, а мирское имя — такие имена давали до крещения или в быту, чтобы уберечь ребёнка или отметить его будущее занятие. В ономастике это типичный случай, когда прозвище по профессии или по тотемному животному закрепилось в фамилии и дошло до наших дней.