Фамилия Малоя — редкая и неочевидная по происхождению. Если не знать контекста, её легко принять за иноязычную. На самом деле это чисто русская фамилия, но с нестандартным окончанием. В русской ономастике фамилии на -ой типичны для южных и западных регионов (например, Толстой, Благой), но Малоя — нестандартный вариант, где ударение, скорее всего, падает на последний слог: Мало́я.

Основа фамилии — прилагательное «малый». В старину «малой» или «малый» означало не только маленький рост, но и младшего по возрасту, подростка, иногда — слугу или холопа («малый» в значении «парень»). Фамилию могли дать невысокому человеку, младшему сыну в семье или, по одной из версий, человеку, который в молодости был «малым» — батраком или подручным. В говорах слово «малой» могло закрепляться как прозвище, а затем переходить в фамилию.

Форма Малоя — это усечённый вариант от Малов или Малой. В русской традиции фамилии на -ой склонялись как прилагательные, но в некоторых диалектах и при записи в документы (особенно в XIX веке) окончание могли записать как -оя, особенно если писарь передавал произношение на слух: «Мало́я» вместо «Мало́й». Это не ошибка, а особенность фиксации. Встречается такая модель и у других фамилий: Толстая — от Толстой, но в мужском роде написание через -оя — редкость.

С географией сложно: фамилия Малоя не массовая. Поиск по базам данных показывает единичные случаи в центральных областях России, а также среди потомков переселенцев. Возможно, фамилия — результат описки или диалектного написания фамилии Малой, которая бытовала на Курщине, Орловщине и в казачьих областях. В любом случае, носитель фамилии Малоя — носитель редкой формы, сохранившей живую черту народного произношения XIX века.