Фамилия Маля — редкий пример, где прозвище стало родовым именем почти без изменений, без типичных суффиксов -ов, -ин или -енко. В её основе лежит личное имя или прозвище Маля. Чаще всего так в старину звали человека невысокого роста — от прилагательного «малый». Но у этого слова было и другое, переносное значение: «маля» на южнорусских и украинских говорах означало младшего ребёнка в семье, того, кого позже назовут «меньшаком». Так что предок мог быть не просто маленьким, а самым младшим по рождению.

Словообразовательная модель здесь архаичная: фамилия застыла в форме краткого прилагательного или прозвища в именительном падеже. По тому же принципу возникли фамилии Малой, Малый, Малюта. Но Маля — более редкий вариант, где основа усечена до мягкого окончания. В некоторых случаях фамилия могла образоваться от уменьшительной формы крестильного имени Малахия (через Маля) или от женского имени Маланья, если прозвище дали по матери. Однако основная версия — именно прозвище по росту или старшинству.

Географически фамилия тяготеет к западным и южным регионам бывшей Российской империи: её фиксируют в Беларуси, на Украине и в приграничных русских областях. Встречается она и у поляков — как Mala, но с другим ударением. Интересно, что в некоторых переписях XIX века носителей фамилии Маля записывали в мещанское сословие, то есть это были городские жители, а не крестьяне. Получается, что предок-«маля» мог быть и ремесленником, и мелким торговцем.

Спорных версий немного. Иногда фамилию пытаются связать с тюркским словом «мал» (скот), но это натяжка: для славянской ономастики такое объяснение неправдоподобно. Гораздо логичнее держаться славянского корня «мал-», который дал целое гнездо фамилий — от Малова до Малюгина.