Фамилия Маляев ведет происхождение от мирского имени или прозвища Маляй. В основе лежит прилагательное «маленький». В старых русских семьях ребенка, родившегося некрупным или младшего среди детей, часто называли просто: Малюга, Малюта, Малый, Малой, а также Маляй. Такой способ именования был привычным на Руси — мирское имя давали в дополнение к крестильному, и оно закреплялось за человеком на всю жизнь. Потомок того, кого звали Маляем, со временем получил фамилию Маляев.

Суффикс -ев указывает на типичную русскую патронимическую модель: «чей сын?» — Маляев, то есть сын Маляя. В разговорной речи и документах XVII–XVIII веков такие фамилии часто писали через «-ев», а не «-ов», потому что основа оканчивалась на мягкий согласный или «й».

Вторая версия, менее распространенная, связывает фамилию не с именем, а с прозвищем Маляй, которое давали уже взрослому человеку за миниатюрное сложение. Обе гипотезы сходятся в одном: корнем была характеристика роста или возраста — «малый», «маленький». В словаре Б. Унбегауна фамилии, образованные от подобных прозвищ (Малый, Малютин, Малеев), отнесены к группе «имен по физическим признакам».

Фамилия Маляев встречается в разных регионах России, но чаще всего в Поволжье и центральных областях. В нижегородских и саратовских писцовых книгах XVI–XVII веков упоминаются крестьяне и посадские люди с именем Маляй, что подтверждает народное, а не церковное происхождение этой основы. В отличие от фамилии Малеев, которая могла возникнуть от греческого имени Малахия (в просторечии Малей), Маляев однозначно привязан к русскому слову «малый» и не имеет иноязычных параллелей.