Фамилия Малявкины — одна из тех, что прямо указывает на внешность или возраст первого носителя. В её основе лежит прозвище Малявка. В русских говорах так называли маленького человека, ребёнка, а иногда и просто невысокого ростом взрослого. Слово «малявка» образовано от общеславянского корня «мал-» с помощью суффикса -явк-, который придаёт экспрессивный, часто пренебрежительно-ласкательный оттенок (сравните: «козявка», «блохавка»).

Скорее всего, прозвище Малявка давали в семье самому младшему или низкорослому ребёнку. В старину на Руси были распространены и другие прозвища от того же корня: Малюга, Малюта (вспомним Малюту Скуратова), Малец. Но фамилия Малявкин закрепилась именно в форме с суффиксом -ин, который указывает на принадлежность: «чей?» — «Малявкин», то есть сын, потомок Малявки.

Фамилия относится к распространённому типу русских фамилий, образованных от уличных или домашних прозвищ. О точном месте и времени её возникновения сейчас говорить сложно — процесс формирования фамилий у крестьян и мещан шёл несколько столетий и завершился в основном к XIX веку. Однако можно предположить, что фамилия не была привязана к одному региону: прозвище от слова «малявка» встречалось и на севере, и в центральной России.

Интересно, что в отличие от фамилий Малов или Малых, которые тоже образованы от корня «мал-», Малявкины сохранили в основе именно разговорную, уменьшительно-уничижительную форму. Это делает фамилию ярким памятником живой народной речи — той, что звучала в семьях, а не в официальных документах.