Фамилия Малышев — одна из самых распространённых русских фамилий, образованных от прозвища или нецерковного имени. В основе лежит прилагательное «малыш», то есть маленький ребёнок, младший в семье, человек невысокого роста. Суффикс -ев указывает на принадлежность: Малышев буквально означает «сын Малыша». Это типичная патронимическая модель, где прозвище отца становилось фамилией детей.

Менее очевидная, но возможная версия связывает фамилию с диалектным словом «малыш» в значении «малорослый, короткий» — так могли прозвать не только ребёнка, но и взрослого человека невысокого роста. В некоторых говорах «малышом» называли также младшего сына или последнего ребёнка, что делало прозвище сугубо семейным, указывающим на порядок рождения.

Фамилия фиксируется в письменных источниках с XVI–XVII веков. В «Ономастиконе» С. Б. Веселовского упоминаются Малышевы среди служилых людей и крестьян. Географически фамилия особенно характерна для северных и центральных областей России — Вологодской, Архангельской, Костромской, а также для Поволжья. Встречаются варианты написания: Малышев и Малышев (с твёрдым знаком до реформы орфографии), но современная норма — через «ы».

Словообразовательная модель с суффиксом -ев, а не -ов, неслучайна. Основа «Малыш» оканчивается на шипящий (ш), поэтому по правилам русской грамматики прибавляется -ев, а не -ов. Это отличает фамилию от, например, Малышков или Малышкин — там другие суффиксы, указывающие на иную модель образования (уменьшительную или принадлежностную).

Среди однокоренных фамилий — Малышевский, Малышенко, Малышевцев. Но Малышев остаётся самым частым и простым по форме. В XIX веке фамилия встречалась во всех сословиях: от крестьян до купцов и мещан. Никакой сословной исключительности у неё нет — это массовая фамилия, возникшая из живого бытового прозвища.