Фамилия Манахимова — редкая, и её происхождение напрямую связано с еврейской традицией именования. В основе лежит мужское личное имя Манахим (варианты — Менахем, Манахим), которое восходит к древнееврейскому корню со значением «утешитель». В Библии так звали одного из царей Израиля. Поскольку фамилия образована с помощью русского патронимического суффикса -ов, она указывает на принадлежность: «дочь (или жена) Манахима». Форма Манахимова — женская, мужской вариант этой фамилии — Манахимов.

Суффикс -ов здесь стандартный для русских фамилий, но его присоединение к семитскому имени — характерная черта фамилий еврейского населения, жившего на территории Российской империи, особенно в черте оседлости. В XIX веке, при массовом присвоении фамилий еврейским общинам, многие взяли фамилии, образованные от имён отцов или дедов по русской модели. Таким образом, предок носительницы этой фамилии, скорее всего, был человеком по имени Манахим (Менахем).

Интересно, что фамилия сохранила архаичную форму имени с «а» в начале (Манахим), тогда как более распространённым в иврите и ашкеназском произношении является «Менахем». Это может указывать на регион бытования — например, на влияние местных говоров или запись имени чиновником на слух.

С точки зрения географии, фамилия Манахимова встречается крайне редко. Её можно встретить в местах традиционного расселения еврейских общин бывшей черты оседлости — на Украине, в Белоруссии, Молдове, а также среди потомков эмигрантов. Других версий происхождения (например, от тюркского или славянского корня) для этой фамилии нет — семантика имени «утешитель» и модель образования с -ов/-ева указывают на еврейскую ономастику однозначно.