Фамилия Манахимовы — одна из тех, чья основа на первый взгляд кажется прозрачной, но таит в себе важную оговорку. На слух она почти совпадает со словом «монах», и действительно, в её основе лежит прозвище Монах (в старом произношении — «ма́нах», с ударением на первый слог, что и дало форму Мана́х). Однако прямое отождествление носителя фамилии с монахом было бы ошибкой: по церковным правилам, принявшие постриг не могли иметь законных детей, а значит, и передавать фамилию по наследству. Поэтому прозвище Монах давали мирянам — обычно человеку смиренного, богобоязненного нрава, ведущему почти аскетический образ жизни, но при этом остающемуся в миру.

Словообразовательная модель здесь классическая для русских фамилий: суффикс -ов присоединился к основе Манахим (народная форма имени Монах через акающее произношение и вставной звук «и» для благозвучия). Получается «сын Манахима», то есть потомок того самого «монаха»-мирянина. Интересно, что фамилия могла возникнуть и в среде старообрядцев, где бытовое прозвище Монах было распространено шире из-за особого почитания строгой жизни.

Географически фамилия редкая, сконцентрирована в основном в центральных и южных регионах России — там, где акающий говор был нормой. В документах XVII–XVIII веков встречаются варианты Манахов, Манашин, но форма Манахимов закрепилась именно как патроним: от имени-прозвища Манахим (сравните: Абрам → Абрахим, Мана́х → Мана́хим). Фамилия не дворянская и не купеческая — скорее всего, её носили крестьяне или посадские люди, получившие фамилию при переписях уже после отмены местничества.