Фамилия Манифат — редкая и неочевидная для этимологического разбора. В ней нет привычных русских фамильных суффиксов -ов, -ин или -ский, что сразу наводит на мысль об иноязычном или искусственном происхождении. Скорее всего, перед нами не крестьянская или дворянская фамилия, а поздняя книжная или семинарская.

Наиболее вероятная версия: фамилия образована от латинского слова manifestus — «явный, очевидный». В русской семинарской среде XVIII–XIX веков было принято давать будущим священникам звучные фамилии на латинской основе, часто в форме прилагательных или существительных. «Манифат» могло быть переосмыслением причастия или краткой формы, адаптированной под русское произношение. В пользу этой гипотезы говорит и отсутствие у фамилии бытового, прозвищного корня: в крестьянской среде так назвать человека было бы странно.

Менее вероятно, хотя и возможно, происхождение от искажённого тюркского или кавказского имени. В некоторых говорах «манифат» могло звучать как вариант личного имени или прозвища, но убедительных параллелей в ономастических словарях нет. География фамилии неширокая: единичные носители встречаются в центральной России и на юге, что тоже характерно для поздних «вымышленных» фамилий, разошедшихся по разным губерниям через духовное сословие.

По сути, фамилия Манифат — это примета своего времени: когда в XIX веке государство и церковь активно упорядочивали фамилии, многие священники получали «красивые» латинские корни. Носитель такой фамилии с большой вероятностью происходит из семьи потомственного духовенства, где предок взял себе благозвучное имя в честь «явности» или «очевидности» какого-либо богословского понятия.