Фамилия Маннанова образована от мужского мусульманского имени Маннан. В переводе с арабского оно означает «дающий пищу; безмерно милосердный», а также является одним из эпитетов Аллаха. Нарекая так сына, родители в первую очередь желали ему покровительства Всевышнего и надеялись, что он вырастет достойным и милосердным человеком. Суффикс -ов(-а) в фамилии указывает на принадлежность: Маннанова буквально означает «дочь (или жена) Маннана». Модель образования типична для многих тюркских и кавказских фамилий, где родовое имя закреплялось по отцу.

Существует и альтернативная версия, связывающая фамилию с женским именем Манана (в переводе с арабского — «милостивая»). Однако она маловероятна: учитывая традиционный уклад мусульманских обществ, женщина крайне редко становилась родоначальницей фамилии, передавая имя потомкам. Скорее всего, здесь произошло смешение близких по звучанию корней.

Фамилия бытует преимущественно среди татар, башкир и народов Северного Кавказа — регионов, где распространён ислам и арабские имена. Окончательно определить точное место и время возникновения рода Маннановых можно только на основе генеалогических исследований, но смысловая основа фамилии прозрачна: она связана с религиозным понятием милосердия и божественного покровительства.