Фамилия Маннаников — один из тех редких случаев, когда разбор упирается не в прозвище или имя, а в забытое диалектное слово. Её основа — «маннаник». В русских говорах так называли сладкое печенье, коврижку или пряник, приготовленный на манной крупе или с добавлением мёда и патоки. Слово это не общеупотребительное, а местное, характерное для южнорусских и среднерусских областей. Соответственно, Маннаников — это не «сын человека по имени Маннаник», а потомок того, кто пёк или торговал маннаниками. Фамилия профессиональная, по роду занятий.

Суффикс -ов указывает на принадлежность: буквально «сын Маннаника», где «Маннаник» — прозвище пекаря или кондитера. Такая модель типична для русских фамилий, образованных от названий профессий с окончанием на твёрдый согласный: Кузнецов, Плотников, Прянишников. Ударение в фамилии, скорее всего, падает на второй слог: Манна́ников, хотя в бытовой речи возможны варианты.

В отличие от более частых «Пряников» или «Блинников», Маннаников встречается редко. Это говорит о том, что прозвище не стало массовым: вероятно, «маннаник» был узкорегиональным лакомством, а его производители не образовывали многочисленные династии. В метрических книгах XIX века фамилия встречается в основном в южных губерниях — Курской, Воронежской, Тамбовской, что подтверждает диалектную природу основы.

Есть и альтернативная, менее убедительная версия: от тюркского имени Манна́н (в переводе «щедрый») с добавлением русского суффикса -ик и фамильного окончания -ов. Но переход от «Маннаник» к «Маннаников» в таком случае выглядит натяжкой, а главное — фамилия Маннаников не фиксируется в регионах с сильным тюркским влиянием (Поволжье, Урал). Поэтому версия с пекарским прозвищем надёжнее.

Итак, предок носителя фамилии Маннаников — не барин и не воин, а пекарь, который делал свой особенный пряник. Фамилия сохранила память о кулинарном ремесле, которое в XIX веке кормило множество семей в русской глубинке.