Фамилия Мананников — из числа тех, где за привычным русским окончанием скрывается неожиданная библейская основа. Исходное имя — Иммануил, что значит «с нами Бог». В народной речи это имя звучало сложно, его переделывали на свой лад, и одной из таких просторечных форм стал Мананник. Именно от него и пошла фамилия: суффикс -ов добавили по модели «чей?» — сын Мананника, то есть Мананников.

Менее вероятна, но всё же возможна связь с прозвищем Мананник от названия манной крупы. Если так, то предок мог заниматься помолом пшеницы на манку — размалывал зерно в мелкую крупу. Но это лишь гипотеза: профессиональные прозвища такого типа встречаются реже, чем производные от крестильных имён.

По суффиксу -ов фамилия типична для центральной России и Поволжья. Она образована по той же модели, что и тысячи других русских фамилий, но основа у неё редкая: имя Иммануил в народной форме почти не сохранилось в других фамилиях. Это делает Мананниковых носителями довольно уникального следа библейской традиции в русском быту.