Фамилия Мананникова — звонкий след просторечной формы канонического имени Иммануил, что с древнееврейского переводится как «с нами Бог». Именно разговорный вариант Мананник, а не само полное имя, лёг в основу фамилии. Такое «опрощение» церковных имён было характерно для рабочей и крестьянской среды, где сложные библейские имена перекраивали на свой лад, делая их более удобными в быту. Следовательно, предки носителей фамилии, скорее всего, были выходцами из простонародья.

Менее вероятная, но существующая версия связывает фамилию с мусульманским мужским именем Манан, которое в переводе с арабского означает «милостивый». Однако эта гипотеза слабее, так как суффикс -ик- (Манан-ик) более типичен для русской уменьшительно-ласкательной модели, чем для прямого заимствования из тюркских или арабских языков.

Словообразовательная модель проста: к основе Мананник добавился стандартный русский суффикс принадлежности -ов, а конечная форма указывает на женскую линию рода. Фамилия отвечает на вопрос «чей?» — то есть потомок человека по прозвищу или имени Мананник.

Среди известных однофамильцев — Андрей Иванович Мананников (родился 5 августа 1965 года), советский и российский футболист и тренер, вратарь, мастер спорта с 1985 года. Его пример показывает, что фамилия, возникшая в народной среде, может стать частью современной спортивной истории.