Фамилия Мананникова образована от канонического мужского имени Иммануил (в переводе с древнееврейского – «с нами Бог»). В основе фамилии – имя Мананник, одна из его распространенных просторечных форм. Скорее всего, основатель рода Мананниковых был выходцем из рабочей или крестьянской среды. Менее вероятной представляется связь фамилии с мусульманским мужским именем Манан, которое в переводе с арабского означает «милостивый». Среди известных однофамильцев — Андрей Иванович Мананников (родился 5 августа 1965 года) — советский и российский футболист и тренер, вратарь, мастер спорта с 1985 года. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Мананник, со временем получил фамилию Мананникова.