Фамилия Маннаповы, как и её мужская форма Маннапов, образована от мусульманского личного имени Маннап. Это имя — диалектный вариант арабского Маннаф, что значит «превосходство», «самый высший», «возвышенный». Таким образом, в основе фамилии лежит не прозвище и не ремесло, а имя родоначальника, что указывает на её патронимическое происхождение.

По словообразовательной модели это типичная русская фамилия на -ов, которая закрепилась за потомками человека по имени Маннап. Суффикс -ов указывает на принадлежность: «чей?» — «Маннапов», то есть сын, внук или потомок Маннапа. Такая модель массово распространилась в среде крещёных татар и других тюркских народов, переходивших в православие, а также среди служилых людей восточного происхождения.

Исторический контекст, в котором формировалась фамилия, связан с XV–XVII веками. В это время в состав русского дворянства и служилого сословия влилось немало выходцев из Золотой Орды, а также потомков печенегов и половцев. Многие из них, принимая православие, получали фамилии по имени отца, и их тюркские или арабские основы сохранялись в русской огласовке. Фамилия Маннаповы — один из таких следов: имя Маннаф (Маннап) было принесено на Русь вместе с носителями исламской культуры, а затем адаптировано в русской среде.

Географически фамилия Маннаповы сегодня наиболее характерна для татар, башкир и других народов Поволжья и Приуралья. Встречается она и у казахов, но в русском написании с окончанием -ов, а не с тюркскими фамильными аффиксами. Это подтверждает, что перед нами именно русифицированная форма, закрепившаяся в документах Российской империи.

Стоит отметить, что фамилия не имеет отношения к латинскому manna («манна небесная») или к каким-либо славянским корням. Её этимология целиком восходит к арабскому ономастикону, а путь в русский язык пролегал через тюркское посредничество. Фамилия Маннаповы — памятник не столько восточной письменности, сколько культурного пограничья, где арабские имена становились частью русской фамильной системы.