Фамилия Манапов образована от казахского мужского имени Манап, которое на русский язык переводится как «правитель, белая кость». По другой версии, данная фамилия ведет свое начало от прозвища Манап, которое восходит к аналогичному нарицательному. Манапами в Киргизии называли представителей знати, судей и военных предводителей племен. Поэтому прозвище Манап могло указывать как на высокий социальный статус предка, так и на род его деятельности. Таким образом, потомок человека, которого звали Манап, со временем получил фамилию Манапов. Так, в Книге памяти Алма-Атинской области упоминается мулла Манапов Гахап, родившийся в 1871 году в селе Кульджа.