Фамилия Маннапова образована от мужского имени Маннап. Это имя — диалектная, то есть местная, форма арабского имени Маннаф. В переводе с арабского Маннаф означает «превосходство», «самый высший» или «возвышенный». Такое имя могли дать мальчику, желая ему высокого положения в жизни или подчеркивая исключительность.

Фамилия построена по распространенной в тюркоязычных и исламских регионах модели: к основе Маннап прибавили русский патронимический суффикс -ов, а к нему — окончание -а, указывающее на женский род. То есть Маннапова — это буквально «дочь (или жена) Маннапа». Такая форма закрепилась в документах за женщинами, а мужская версия фамилии — Маннапов.

Процесс формирования фамилий у разных народов был долгим, и точно определить, где и когда появилась первая семья Маннаповых, можно только через генеалогическое исследование конкретной ветви. Однако можно предположить, что фамилия наиболее распространена среди татар, башкир и других народов Поволжья и Приуралья, где арабские имена через исламскую традицию вошли в обиход, а русские фамильные суффиксы закрепились в XIX — начале XX века.