Фамилия Манукьян — армянская по происхождению, и её разумнее всего начинать разбирать именно с этой привязки, а не с попыток найти славянский корень. В русском языке она звучит как экзотическая, но для армянской ономастики её модель образования типовая и прозрачная.

Основа фамилии — личное имя Манук. В армянском языке Манук — это уменьшительно-ласкательная форма от Манасе или Манасия, библейского имени Манассия (в переводе с иврита — «заставляющий забыть»). Однако у имени есть и самостоятельное хождение: в средневековой Армении Мануком называли младшего сына или просто ребёнка, и со временем это прозвище-имя закрепилось как самостоятельное. То есть предок носителя фамилии мог быть либо человеком, носившим имя Манук в честь святого или библейского персонажа, либо младшим в семье, кого так прозвали.

Суффикс -ьян (или -ян) — это армянский патронимический показатель, аналог русского -ов/-ев или грузинского -дзе/-швили. Он буквально означает «из рода» или «принадлежащий». Соответственно, Манукьян — это «потомок Манука», «из рода Манука». В русской передаче фамилий армянских переселенцев в XIX — начале XX века суффикс часто записывали именно как -ьян, хотя в оригинале он звучит как -ян. Форма с твёрдым знаком и буквой «я» — это результат адаптации к русской графике, где мягкий знак указывает на йотированное произношение.

Географически фамилия Манукьян распространена повсеместно, где есть армянские общины, но исторически могла быть привязана к Западной Армении (территория современной Турции) или к районам Нагорного Карабаха. В Российской империи армяне с этой фамилией фиксировались в Тифлисской, Елизаветпольской и Эриванской губерниях, а также в городах юга России — Ростове-на-Дону, Ставрополе, Краснодаре, куда переселялись ремесленники и торговцы.

Важный нюанс: в отличие от русских фамилий, у Манукьян нет сословной привязки. Купец, ремесленник, крестьянин, священник — носитель мог принадлежать к любому сословию, потому что армянский патроним не маркировал социальный статус. Фамилия не говорит о дворянстве или крепостном происхождении, а лишь указывает на родовое имя предка.