Фамилия Манукя звучит для русского уха необычно, и это не случайно: она армянского происхождения. В отличие от подавляющего большинства русских фамилий, образованных суффиксами -ов/-ев или -ин, Манукя сохраняет исконный армянский суффикс -ян (в русской передаче часто -я), который означает принадлежность или происхождение. Буквально Манукя — это «из рода Манука» или «принадлежащий Мануку». Основа фамилии — личное имя Манук, которое в армянском языке является уменьшительно-ласкательной формой от имени Мануэл (библейское Эммануил, означающее «с нами Бог»). Таким образом, фамилия Манукя переводится примерно как «маленький Мануэл» или «Божий человек».

По армянской традиции фамилии на -ян (-я) массово закрепились в среде простого народа и духовенства в XIX веке, хотя отдельные фамилии встречались и раньше. Носители фамилии Манукя — это потомки человека по имени Манук, который мог быть крестьянином, ремесленником или священником. В Армении и армянской диаспоре эта фамилия довольно распространена, особенно в областях, исторически связанных с городом Вагаршапат (Эчмиадзин) и регионами Западной Армении.

Интересная деталь: в русском языке фамилия может писаться и как Манукян, с конечным -н, что является более точной транслитерацией армянского окончания -յան. Вариант Манукя (без -н) — это результат упрощения при записи в советских паспортах или в среде, где армянский язык не был родным. Оба написания обозначают одну и ту же фамилию, но Манукя встречается реже и может указывать на то, что предки носителя жили в регионах, где русская бюрократия сокращала окончание. Если искать параллели в русских фамилиях, то по смыслу Манукя — аналог фамилии Мануйлов, которая тоже восходит к имени Мануил, но образована по русской модели.