Фамилия Маньякова — женская форма фамилии Маньяков, и чтобы понять её происхождение, нужно разобраться с мужским вариантом. В основе фамилии лежит прозвище или нецерковное имя Маняк, а оно, в свою очередь, восходит к глаголу «манить» или «маять». В русских говорах «маняк» — это не только «тот, кто манит, завлекает», но и «обманщик, плут». В некоторых диалектах «маняком» называли призрак или навязчивое видение (от «маять» — томить, мучить), но эта версия менее вероятна для прозвища человека.

Суффикс -ов- в фамилии Маньяков указывает на типичную русскую патронимическую модель: так называли сына, внука или потомка Маняка. Ударение в фамилии обычно падает на второй слог: Манья́ков. Важно не путать её с похожей фамилией Маня́ков (без мягкого знака), которая могла образоваться от имени Маня — уменьшительной формы Марии или Манефы. Мягкий знак в Маньякове — не орфографическая ошибка, а следствие древнего произношения: звук [н'] перед [а] давал мягкость, которую на письме закрепили знаком «ь».

Географически фамилия Маньяков (и Маньякова) встречается в центральных и южных регионах России, особенно в Воронежской, Ростовской и Волгоградской областях. Это косвенно подтверждает связь с южнорусскими говорами, где слово «маняк» в значении «обманщик» или «приманщик» было в ходу. Род занятий предка-носителя прозвища мог быть связан с торговлей или ремеслом, где требовалось умение привлекать покупателей — например, коробейник, зазывала или скоморох. Впрочем, не исключено, что прозвище дали за хитрый, изворотливый характер.

В ономастических словарях (например, у Б. Унбегауна или В. Никонова) фамилия Маньяков не выделяется в отдельную статью, но её словообразовательная модель типична для русских фамилий от прозвищ, образованных с помощью суффикса -ак/-як. Редкость фамилии делает её особенно интересной: в современных базах данных она встречается в несколько раз реже, чем, скажем, Манаков или Мануйлов.