Фамилия Маняшина женская, мужской вариант — Маняшин. Она образована по одной из самых распространённых в русском языке моделей — с суффиксом -ин, который указывает на принадлежность: предка звали Маняша, и его потомки стали Маняшиными. Суффикс -ин типичен для фамилий, образованных от имён и прозвищ, оканчивающихся на -а или -я (ср. Пушкин, Ильин, Кузьмин).

Основа фамилии — имя или прозвище Маняша. Чаще всего это уменьшительная форма от канонического имени Мария, которое через греческое посредство восходит к древнееврейскому Мариам. В народной русской традиции Мария давала десятки производных форм: Маня, Маняша, Маруся, Марья, Манька. Поэтому первая и самая вероятная версия: Маняшины — потомки женщины по имени Мария, которую в быту звали Маняшей. Фамилии от женских имён встречаются реже, чем от мужских, но они есть: обычно они возникали, если женщина была главой семьи (вдова) или если прозвище закрепилось за ребёнком по матери.

Менее распространённый, но возможный вариант — происхождение от прозвища Маняша, данного мужчине. Прозвища от женских имён давали мужчинам в насмешку или по каким-то внешним или поведенческим чертам. В ономастике известны случаи, когда фамилии типа Манин, Машков, Маняшин образованы от мужских прозвищ, а не напрямую от женского имени. Однако для фамилии Маняшина эта версия слабее: суффикс -ин при женской основе встречается чаще, чем при мужской прозвищной.

Географически фамилия Маняшина тяготеет к центральным и южным регионам России, но встречается рассеянно. В дореволюционных источниках она фиксируется в основном в крестьянской и мещанской среде — фамилии на -ин в этих сословиях были нормой. Дворянских родов Маняшиных не известно, что тоже косвенно подтверждает простонародное происхождение.

Особенность фамилии — её относительная редкость. Она не входит в число массовых русских фамилий, что делает её более локальной и, возможно, связанной с одной или несколькими родственными группами. В отличие от фамилий вроде Маринин или Марьин, форма Маняшина сохранила именно разговорный, ласкательный вариант имени, что говорит о неформальной, домашней среде, где это прозвище закрепилось.