Фамилия Манжелеевы образована от прозвища Манжелей, которое имеет тюркские корни. Исходное слово — «манжули», так называли каракалпаков, принадлежащих к племени ктай. Это означает, что предок Манжелеевых мог быть либо выходцем из этого народа, либо жил в среде манжули и получил прозвище по этническому признаку.

Модель образования фамилии — типичная для русской ономастики: к основе Манжелей добавили суффикс -ев, указывающий на принадлежность («чей?» — Манжелеев). В окончательной форме Манжелеевы — это множественное число, обозначающее весь род.

Прозвище Манжелей, скорее всего, закрепилось за человеком не случайно: в кочевой или полуоседлой среде Средней Азии и Приуралья такие именования по племенной принадлежности были распространены. Ктай — одно из крупных каракалпакских племён, и «манжули» могло быть как самоназванием его части, так и внешним прозвищем, данным соседями.

Фамилия Манжелеевы — редкая. Она не встречается в массовых списках дворянских или купеческих родов Российской империи, что указывает на крестьянское или казачье происхождение носителей. Географически её следы ведут в регионы, где тюркское население контактировало с русским: в Оренбуржье, на Урал, в Нижнее Поволжье. Возможно, предки Манжелеевых были яицкими или оренбургскими казаками, среди которых было немало людей с тюркскими прозвищами.

Основа фамилии — Манжелей — в русском языке не имеет прозрачной внутренней формы и не переводится через славянскую лексику. Это дополнительно подтверждает её восточное происхождение. Фамилия сохранила память о древнем племенном делении каракалпаков, которое сегодня почти стёрто, и в этом её ценность как памятника устной истории и тюркской письменной культуры.