Фамилия Манжурина — женская форма от Манжурин. В её основе лежит прозвище Манжура, и здесь есть сразу две версии происхождения, причём обе отсылают к разным народам и территориям.

По первой версии, прозвище Манжура связано с маньчжурами — тунгусо-маньчжурским народом, коренным населением Северо-Восточного Китая (Маньчжурии). Предка Манжуриных могли так прозвать, если он жил на границе с этими землями или имел черты, которые напоминали маньчжура. Но есть и вторая, не менее весомая версия: фамилия и прозвище Манжура довольно часто встречаются на Украине. Это позволяет предположить, что Манжура — вариант прозвища Манжула, которое давали человеку, жившему неподалёку от горы Манжул в Крыму. Сам топоним, возможно, восходит к слову «манжули» — так называют каракалпаков племени ктай.

Словообразовательная модель фамилии проста: к основе Манжур- добавлен типичный русский суффикс -ин, указывающий на принадлежность («чей?» — сын Манжуры). В украинской традиции фамилия могла бы звучать как Манжуренко, но форма на -ин закрепилась в русской среде.

Таким образом, носители фамилии Манжурина могут вести род либо от человека, которого связывали с маньчжурами, либо от выходца из крымских или украинских земель, где прозвище Манжура (Манжула) имело местные корни. Обе гипотезы имеют право на существование, и выбрать одну из них без дополнительных генеалогических изысканий сложно.