Фамилия Мараканова — женская форма от Мараканов, а тот образован от прозвища или нецерковного имени Маракан. В русской ономастике это редкий случай, когда основа фамилии явно восходит к тюркскому или монгольскому слову, а не к славянскому корню. Скорее всего, в основе лежит тюркское «марака» — «плеть, кнут» или «удар плетью». Прозвище Маракан могли дать человеку резкому, вспыльчивому или, наоборот, тому, кто работал погонщиком, пастухом — словом, имел дело с кнутом.

Суффикс -ов указывает на типичную модель образования русских фамилий от отчества или прозвища отца: Маракан → сын Маракана → Мараканов. Фамилия недворянская, скорее всего, крестьянская или казачья, поскольку прозвища с тюркскими корнями часто встречались в южных и восточных регионах России, где было активно взаимодействие с татарами, башкирами, казахами. В переписных книгах XVI–XVII веков фамилия не фиксируется, что говорит о её относительно позднем происхождении — возможно, XVIII–XIX века.

Вторая, менее вероятная версия связывает основу с диалектным русским словом «маракать» — «делать кое-как, пачкать». Тогда Маракан — человек, который марает, работает небрежно. Но эта гипотеза слабее: суффикс -ан в прозвищах от глагола «маракать» дал бы форму Маракан, но ареал таких образований узок, а тюркская версия объясняет и звучание, и географию фамилии.

Встречается фамилия в основном в Поволжье, на Урале и в Сибири — регионах, где исторически жили тюркские народы. Среди носителей нет известных исторических личностей, но фамилия сохранилась в нескольких разрозненных родах, что указывает на её неединичное, хоть и редкое бытование.