Фамилия Марчишен — редкий пример восточнославянской модели, переосмысленной под влиянием польской или белорусской фонетики. В основе, скорее всего, лежит уменьшительная форма крестильного имени Марк — Марчик или Марчко. Суффикс -иш- указывает на «чей?» — чей сын, чей человек. Обычно в русских фамилиях для этого использовали -ов/-ев или -ин, а вот -ишен (-иш- + -ен) — вариант, характерный для западных регионов: современной Беларуси, Украины, а также для пограничных с Польшей земель. Фамилии с таким окончанием (вроде Марчишен, Павлишен, Данилишен) часто возникали в среде, где польская письменная традиция смешивалась с местным говором.

Исходное прозвище Марчиша могло относиться к человеку по имени Марк, но не исключён и другой путь: от глагола «марчить» (в диалектах — медлить, мешкать) или от «марчик» — так в некоторых говорах называли небольшой молоток, киянку. Вторая версия менее вероятна, но оставляет простор для предположения о ремесле: предок мог быть бондарем или плотником, которого прозвали по инструменту.

Географически фамилия привязана к западным областям бывшей Российской империи. Встречается на юге Беларуси (Брестская, Гродненская области), в Волынской и Ровненской областях Украины. В России носители Марчишен — это, как правило, потомки переселенцев начала XX века, уехавших в Сибирь или на Дальний Восток в ходе столыпинской аграрной реформы.

Ударение в фамилии плавающее: в белорусском варианте чаще падает на второй слог (Марчи́шен), в русском — на первый (Ма́рчишен). На письме иногда встречается вариант Марчишин — с типичным для украинской ономастики суффиксом -ин, но форма с -ен сохраняет следы польского влияния, где -ен ( -eń) уменьшительное.

Фамилия не получила широкой известности, не попала в дворянские родословные книги и не связана с крупными историческими фигурами. Её ценность — в сохранении локальной модели словообразования, почти исчезнувшей в современной России.