Фамилия Мардушева — редкий случай, когда основа, скорее всего, не славянская, а тюркская или финно-угорская. Если отбросить суффикс -ев (вариант суффикса -ов после мягкого согласного), который указывает на принадлежность к роду, остаётся корень «Мардуш». В русских говорах и в татарском языке встречается слово «мардушка» — так в Поволжье и Приуралье называли мордовку, женщину мордовской народности. Это прозвище могли дать переселенцу из Мордовии или человеку, который говорил с характерным акцентом или носил одежду, напоминающую мордовскую.

Вторая версия выводит фамилию из тюркских языков, где «мардуш» (или «мардыш») — искажённое арабское «мардуд», что значит «отвергнутый», «возвращённый». В мусульманских семьях так могли назвать ребёнка, родившегося после смерти предыдущих детей, — имя-оберег, отводящее беду. В этом случае фамилия Мардушева — русифицированная форма отчества от тюркского имени Мардуш.

Географически фамилия тяготеет к Волго-Вятскому региону: Удмуртия, Татарстан, Кировская область, Башкортостан. Именно здесь пересекались русские, татарские и финно-угорские традиции имянаречения. Встречается и в северных районах Пермского края, где жили староверы, бравшие прозвища по национальности соседей.

Словообразовательная модель проста: суффикс -ев указывает на «сына Мардуша» или «человека из семьи Мардушевых». Форма Мардушева — женский вариант, но в быту так могли записать и мужчину, если переписчик неверно определил пол или если фамилия закрепилась в документах через мать-вдову.

Есть и маловероятная, но любопытная версия: связь с диалектным глаголом «мардушить» — в некоторых говорах так называли ворчливого, брюзжащего человека. Однако у этого слова нет подтверждений в авторитетных словарях русских говоров, поэтому версия остаётся на уровне догадки.

Сословная принадлежность предков Мардушевых — скорее всего, государственные крестьяне или однодворцы. Дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано. Известных носителей в истории нет, что типично для фамилии, возникшей в глухой деревне и не попавшей в высшие слои общества.