Фамилия Маренный — редкий пример, когда в основе лежит не церковное, а мирское имя Марена. На Руси дохристианские имена давали по названиям растений, животных или природных явлений, и Марена здесь не исключение. Скорее всего, так называли ребенка в честь травянистого растения марены (Rubia tinctorum), из корней которого добывали стойкий красный краситель. Человек с прозвищем Марена мог быть рыжеватым, румяным или иметь отношение к ремеслу красильщика — профессии заметной и уважаемой в старину.

Словообразовательная модель проста: к основе Марен- добавили суффикс -ый, характерный для русских фамилий-прилагательных. Такие фамилии (например, Толстой, Босой, Косой) отвечали на вопрос «чей?» или «какой?» и закреплялись за прямыми потомками: Маренный — буквально «сын Марены». В отличие от более частых фамилий на -ов/-ев, модель на -ый встречается реже и часто указывает на более древнее, прямое прозвище, а не на отчество.

Географически фамилия тяготеет к южнорусским и украинским землям, где растение марена было распространено и использовалось в кустарных промыслах. Встречаются также варианты написания Мареный и Мареннов, но основной — с двумя «н» — укрепился под влиянием полной формы прилагательного. Известных носителей в истории зафиксировано немного, что делает фамилию скорее локальной и профессиональной, чем аристократической.

Есть и вторая, менее вероятная версия: связь с именем Марина (от лат. marinus — «морская»). В народном произношении Марина могла превратиться в Марену, а оттуда — в фамилию Маренный. Однако против этой гипотезы говорит то, что крестильное имя Марина давало бы фамилии Маринин или Маринов, а форма Марена — это типичное сокращение, характерное именно для мирских, а не церковных имён. Поэтому версия с растением и прозвищем выглядит убедительнее.