Фамилия Марфудина — вариант, в котором привлекает внимание редкий суффикс. Перед нами не привычное -ов, -ев или -ин, а -ин, но с корнем, который сразу выбивается из ряда «Иванов — Петров — Сидоров». Основа здесь — женское имя Марфа. Фамилия образована по той же модели, что и Марфин, Марфунин, то есть от имени матери или бабушки. Это отчество по матери, а не по отцу: Марфудина буквально означает «дочь (или потомок) Марфы».

Имя Марфа (греч. Μάρθα — «госпожа», «хозяйка») было широко распространено в крестьянской и купеческой среде вплоть до XIX века. Однако фамилии от женских имён встречаются реже, чем от мужских. Они часто указывали на то, что женщина в семье играла ключевую роль — например, была вдовой, или же ребёнок рос без отца. В некоторых случаях такую фамилию могли дать в приёмной семье или в незаконнорождённом рождении, когда отчество по матери было единственным способом легализовать ребёнка.

Суффикс -дин в фамилии Марфудина — это не отдельный суффикс, а результат стяжения: основа Марфуд- (от Марфуда, уменьшительно-ласкательной формы имени Марфа) плюс -ин. Форма Марфуда — характерный для русских говоров вариант имени, где добавился суффикс -уд(а), как в именах Якуда, Акуда, Ванюда. Такие формы бытовали в северных и центральных губерниях России, особенно в Архангельской, Вологодской, Костромской областях. Марфудина — фамилия именно из этого ареала.

С точки зрения ономастики, фамилия Марфудина — редкая. В словаре Веселовского или в работах Унбегауна она не упоминается, что говорит о её локальном распространении. Если сравнить с однокоренными — Марфин встречается чаще, а Марфудин — штучная форма. Встречаемость фамилии сегодня невысока: по открытым данным, носители живут в основном в Центральной России и на Урале, куда переселенцы принесли северные говоры.

Таким образом, предки человека с фамилией Марфудина, скорее всего, были крестьянами из северных или центральных регионов России. Фамилия закрепилась за родом, где в основе лежало имя женщины — Марфы, которую в семье называли уменьшительно Марфуда. Это живое напоминание о тех временах, когда фамилия могла родиться не из вотчины и чина, а из простого бытового имени, данного матерью.