Фамилия Маргосян — это фонетический вариант более распространённой армянской фамилии Маркосян. Обе они восходят к мужскому крестильному имени Маркос, которое, в свою очередь, происходит от римского имени Marcus. В основе этого имени лежит латинское слово, означающее «молот».

Сам Маркос — фигура, хорошо известная в христианской традиции. Ещё в юности он участвовал в миссионерских трудах апостолов Павла и Варнавы (последнему доводился племянником), а позже стал неразлучным спутником апостола Петра, который называл его «своим сыном». Именно этот Маркос — евангелист, автор одного из четырёх Евангелий.

Фамилия образована по типичной армянской модели с суффиксом -ян (в старом написании -янц), который первоначально означал «из рода такого-то» или «из семьи таких-то». Таким образом, фамилия Маргосян (как и Маркосян) исходно передавала смысл «из рода Маркоса». Переход «к» в «г» в фамилии Маргосян — распространённое в армянском языке явление озвончения глухих согласных в разговорной речи, которое со временем закрепилось на письме. Поэтому, если вы носите фамилию Маргосян, ваши предки с высокой вероятностью принадлежали к роду, основателем которого был человек по имени Маркос.