Фамилия Маркосян образована от армянского мужского имени Маркос по типичной для армянской ономастики модели с суффиксом -ян. Этот суффикс — один из самых распространённых в армянских фамилиях; он указывает на принадлежность к роду и отвечает на вопрос «из какого дома?» или «чей потомок?». То есть Маркосян буквально означает «из рода Маркоса» или «потомок Маркоса».

Само имя Маркос — это армянская форма имени Марк. В отличие от русской традиции, где фамилии на -ов/-ев чаще образовывались от крестильных имён через притяжательное прилагательное, армянский -ян сразу закреплял родовую принадлежность. Корень имени восходит к латинскому Marcus, которое, по наиболее распространённой версии, связано с именем древнеримского бога войны Марса (лат. Mars). В римской антропонимике имя Марк было одним из самых употребительных личных имён (преноменов), и через христианство оно вошло во многие языки, включая армянский.

Интересно, что в армянской среде фамилия Маркосян не имеет однозначной географической привязки: она встречается как в исторической Западной Армении (территория современной Турции), так и в Восточной — в частности, в регионах Васпуракан и Айрарат. Это говорит о широком распространении имени Маркос среди армян разных областей. В русском языке фамилия сохранила исходное написание через «о», хотя при передаче через грузинский или турецкий могли возникать варианты вроде Маркасян или Маркозян.

Поскольку имя Маркос было крестильным, его могли носить представители разных сословий — от крестьян до священников и купцов. Никакой сословной или профессиональной окраски у фамилии нет: она чисто патронимическая. Таким образом, предки современных Маркосян — это люди, чей родоначальник носил имя Маркос, и со временем родовое прозвание закрепилось как фамилия.