Основой фамилии Маркосян послужило имя Маркос. Фамилия Маркосян образована от армянского мужского имени Маркос. Оно, в свою очередь, восходит к имени древнеримского бога войны Марса. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Маркос, со временем получил фамилию Маркосян.