Фамилия Маргосьян — характерный пример армянской модели фамилии на -ян, которая в прошлом выглядела как -янц и означала принадлежность к роду: «из дома такого-то». В русской записи конечное -ц отпало, и фамилия закрепилась в форме Маргосьян. Основа здесь — личное имя Маргос, армянская версия имени Марк. В армянском языке имя Маргос (Маркос) восходит к латинскому Marcus, которое, по одной из версий, связано с Mars — именем бога войны у римлян. Таким образом, Маргосьян дословно переводится как «потомок Маргоса» (Марка).

Однако есть и другая, менее очевидная версия. В некоторых диалектах армянского языка слово «маргос» могло означать «предсказатель» или «гадатель», происходя от древнеперсидского корня со значением «вещать». Если фамилия образована не от крестильного имени, а от прозвища, то предок носителя фамилии мог заниматься прорицанием или быть знахарем. Эта гипотеза менее распространена, но лингвистически возможна: в армянской ономастике немало фамилий, образованных от названий занятий, а не от имен.

Географически фамилия Маргосьян чаще всего встречается среди армян, исторически связанных с Западной Арменией (территория современной восточной Турции) и, в меньшей степени, с Нагорным Карабахом. После геноцида армян 1915 года носители фамилии расселились по всему миру — в Россию, Францию, США, Ливан. В России фамилия встречается в Краснодарском крае, Ростовской области и Москве, куда переселялись армяне в XX веке.

Словообразовательный суффикс -ян не несет сословной или социальной нагрузки: в Армении фамилии на -ян носили и князья, и крестьяне. Поэтому по фамилии Маргосьян нельзя определить, кем были предки по статусу, но можно уверенно сказать, что родоначальника звали Маргос (Марк) — имя, популярное в армянской среде благодаря апостолу Марку, почитаемому в Армянской апостольской церкви.