Фамилия Маркешины (в мужском роде — Маркешин) — один из примеров того, как уменьшительно-обиходное имя превратилось в родовое прозвание. В её основе лежит имя Маркеша. Оно могло образоваться от нескольких канонических имён: Марк, Маркелл или Маркиан. Все они восходят к латинскому корню, связанному с именем римского бога войны Марса. Отсюда первое значение — «мартовский» или «воинственный». Впрочем, у лингвистов есть и другая версия: та же латинская основа могла означать «слабый, вялый» — такой разброс значений не редкость для древних имён, менявших смысл при переходе из языка в язык.

Фамилия образована по стандартной русской модели с суффиксом -ин. Этот суффикс указывает на принадлежность: Маркешин буквально означает «сын Маркеши» или «из семьи Маркеши». Именно суффикс -ин, а не -ов, типичен для имён, оканчивающихся на -а или -я. Поэтому Маркешин стоит в одном ряду с фамилиями вроде Ильин, Фомин или Кузьмин.

О точном месте и времени возникновения фамилии говорить сложно: процесс становления фамилий на Руси шёл несколько столетий, и такие «патронимические» фамилии на -ин могли закрепиться как в крестьянской, так и в мещанской среде. Интересно, что написание «Маркешины» (во множественном числе) часто встречается в старых документах, когда речь шла о целой семье или династии. Сегодня это форма может указывать на родовую ветвь, которая сохранила коллективное прозвание предков.