Основой фамилии Маркешина послужило имя Маркеша. Имя Маркеша может представлять собой производную форму одного из имён: Маркелл, Марк или Маркиан. Все эти имена восходят к общей латинской основе со значением «мартовский», «посвящённый Марсу — римскому богу войны» или «воинственный», по другой версии - «слабый, вялый». Скорее всего, основатель рода Маркешиных был человеком из простого сословия. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Маркеша, со временем получил фамилию Маркешина.