Фамилия Маркешкин образована от имени Маркешка — уменьшительной формы крестильного имени Марк. В православной традиции это имя носил евангелист Марк, а в основе лежит латинское «маркус» — «молоток». Уменьшительные формы на -ешк- (Маркешка, Иванешка, Федорешка) в XVI–XVII веках были распространены в северных и среднерусских говорах. Суффикс -ешк- придавал имени скорее ласкательный, чем пренебрежительный оттенок, хотя в современном языке такие формы кажутся просторечными.

Фамилия построена по стандартной патронимической модели: Маркешка → Маркешкин, то есть «сын Маркешки». Притяжательный суффикс -ин указывает на принадлежность к роду конкретного человека. В отличие от фамилий на -ов/-ев, которые чаще закреплялись за крестьянами центральных губерний, фамилии на -ин не имеют строгой сословной привязки: их носили и посадские люди, и крестьяне, и духовенство.

Исторически фамилия Маркешкин не относится к числу широко распространённых. Её очаги можно проследить в Поволжье и на северо-западе России — в старых переписных книгах Новгородской и Вологодской губерний встречаются крестьяне с этим именем. В словаре Б. Унбегауна «Русские фамилии» модель на -ешк- упоминается как характерная для севернорусского наречия, что подтверждает географию бытования.

Интересная деталь: в некоторых говорах имя Маркешка могло быть не только производным от Марка, но и самостоятельным прозвищем, связанным с диалектным словом «маркешка» — так в ряде мест называли бойкого, юркого человека. Если это так, фамилия могла закрепиться не за сыном Марка, а за человеком, получившим меткое прозвище по характеру. Однако основная версия — от имени — выглядит более надёжной, поскольку прозвищная форма на -ешк- для русской антропонимии нетипична.

Однокоренные фамилии — Марков, Маркин, Маркелов — образованы от других производных того же имени, и Маркешкин среди них выделяется редким суффиксом. Носитель этой фамилии почти наверняка происходит из семьи, где имя Марк передавалось через уменьшительную форму, сохранившуюся в бытовой речи.