Фамилия Маркусеев — довольно редкий пример фамилии, образованной от двойной основы с помощью самого распространённого русского суффикса -ев. В ней слились два компонента: имя Марк (через латинское Marcus, предположительно «посвящённый богу Марсу») и суффикс принадлежности -ус, который в русской ономастике почти не встречается в чистом виде, но отчётливо прослеживается в украинских и белорусских фамилиях на -ус (например, Маркус, Янус, Павлусь). В данном случае форма Маркус — это либо народная, диалектная версия имени Марк (ср. уменьшительное Маркуша), либо прямая калька с польского или украинского «Маркус», где -ус — типичное окончание мужских имён. Затем к этой основе прибавили русский патронимический суффикс -ев, который указывает на прямого потомка: «Маркусеев» буквально значит «сын Маркуса».

Словообразовательная модель здесь спорная, но правдоподобнее всего выглядит версия о том, что фамилия возникла на стыке культур — в регионах, где русское население соседствовало с украинским или белорусским (например, на Слобожанщине, в Курской или Воронежской губерниях). Могло быть и так: в документах сначала записали прозвище Маркус (от имени Марк, но в местном произношении), а уже от него по обычной русской схеме образовали фамилию для его детей — Маркусеевы. В таком случае ударение, скорее всего, падает на второй слог: Марку́сеев.

С точки зрения социального происхождения, фамилия не несёт дворянских или купеческих маркеров. Суффикс -ев, как и -ов, в XIX веке был массово распространён у крестьян и мещан центральной России. Владельцы такой фамилии, вероятно, происходили из среды вольных землепашцев или однодворцев — особой категории южнорусского населения, сочетавшей черты крестьян и мелких служилых людей. Географически фамилия встречается крайне редко: по данным современных телефонных справочников и архивных записей, большинство носителей живёт в Курской и Белгородской областях, а также в восточной части Украины. За пределами этих мест Маркусеев — почти исключительная редкость.

Однокоренные фамилии — Марков, Маркушин, Маркушевский — гораздо распространённее, но Маркусеев выделяется именно своей конструкцией: он как бы застыл на полпути между украинской патронимической моделью и русской фамильной нормой, что делает его ценным свидетельством языковых контактов на границе двух славянских традиций.