Фамилия Маркусов — яркий пример того, как в русском языке закрепилась форма, нетипичная для исконно славянских фамилий. Если бы она была образована по стандартной модели от имени Марк, мы бы получили Марков (с суффиксом -ов). Суффикс -ус здесь — прямой указатель на западное, скорее всего, польское или украинское влияние. В польской и западноукраинской традиции имя Марк нередко принимало форму Маркус (через латинское Marcus), а затем к нему добавили русский патронимический суффикс -ов. Получилась гибридная фамилия: основа — иноязычная, а окончание — типично русское, указывающее на принадлежность («чей?» — Маркусов, то есть сын Маркуса).

Есть и вторая, более редкая версия. Фамилия могла возникнуть не от имени, а от прозвища. В некоторых южнорусских и украинских говорах «маркус» или «маркуха» — ироничное название человека, который важничает, держится с гонором, «марку пускает». В этом случае фамилия несла бы не патронимический, а прозвищный смысл: предок получил её за характер, а не по отцу. Однако первая версия — от имени — встречается в ономастике гораздо чаще и считается основной.

Географически фамилия Маркусов тяготеет к юго-западу России и Украине. В дореволюционных метрических книгах она встречается в Херсонской, Подольской и Киевской губерниях, а также среди казачества Кубани. В центральной России она редка и почти всегда указывает на переселенцев с запада.

Примечательно, что фамилия не является дворянской — она бытовала в основном среди мещан, духовенства и казаков. В среде духовенства имя Маркус (латинизированная форма) иногда давали при поступлении в семинарию, и тогда фамилия Маркусов могла быть «искусственной», семинарской, образованной от латинского имени, которое студент брал себе при зачислении.