Фамилия Маркус — это не типичная русская фамилия, а скорее европейская транскрипция древнего римского имени. В основе лежит личное имя Марк (Marcus), которое в Древнем Риме было распространённым родовым именем. Латинское значение имени трактуют двояко: либо как «слабый, вялый» (от прилагательного marcus в значении «молоток», но с переносом на физическую слабость), либо как «родившийся в марте» (посвящённый богу Марсу, месяцу марту). Вторая версия считается более правдоподобной, поскольку месяц март в римском календаре открывал год и был связан с воинственным божеством.

В русскую среду фамилия Маркус попала не через крестьянскую ономастику, а через немецкое, еврейское или польское посредничество. В Германии и Австро-Венгрии фамилия Marcus фиксируется у еврейских и христианских семей как патроним (сын Марка). В Российской империи носителями фамилии Маркус чаще всего были выходцы из Прибалтики, Царства Польского или еврейского местечка — то есть люди, чьи предки не были крепостными, а имели фамилию ещё до отмены крепостного права.

Словообразовательная модель здесь проста: суффикс -ус — латинское окончание, которое в русском языке не является продуктивным. Фамилия не склоняется по падежам как типичная русская фамилия на -ов или -ин, что сразу выдаёт её иноязычное происхождение. В отличие от русских фамилий, образованных от имени Марк (Марков, Маркин), Маркус сохранила прямую латинскую форму.

Если сравнивать с однокоренными фамилиями, то Маркус стоит ближе к польскому Маркуш (Markusz) или немецкому Маркс (Marx), чем к русскому Марков. В некоторых регионах, например в Галиции, фамилия могла писаться как Маркус, но произноситься с мягким «с» на конце, что сближает её с украинской традицией.

Споров о происхождении фамилии немного: все версии сходятся к одному корню — имени Марк. Разница лишь в том, через какой язык и в какой исторический момент фамилия закрепилась за конкретной семьёй. Для носителя фамилии Маркус это означает, что его предки, скорее всего, не были коренными русскими крестьянами, а принадлежали к городскому сословию или интеллигенции, часто — к немецким или еврейским общинам.