Фамилия Марлинский — редкий случай в русской ономастике, и её происхождение неочевидно. Сразу заметим: она не имеет прямого отношения к морской рыбе марлин. Такое совпадение — случайность, возникшая из-за того, что фамилия писалась через «а», а название рыбы заимствовано из английского marlin значительно позже.

Скорее всего, в основе фамилии лежит топоним — название населённого пункта Марлино или Марлин. Такие деревни встречались в западных и центральных губерниях России. В этом случае фамилия образована по типичной модели для дворянских и духовных фамилий: суффикс -ский указывал на принадлежность к месту или владение им. Предок-основатель мог быть помещиком из села Марлино или выходцем оттуда.

Есть и другая версия, менее распространённая, но возможная: фамилия могла возникнуть от прозвища Марля. В русских говорах «марля» — не только ткань, но и диалектное название мелкого, слабого человека (от «малый»). Тогда Марлинский — это «сын Марли», то есть потомок человека с таким прозвищем. Однако суффикс -ский в этом случае нетипичен для крестьянских фамилий, которые чаще образовывались через -ов/-ев или -ин.

Самая известная историческая фигура с этой фамилией — писатель Александр Бестужев, публиковавшийся под псевдонимом Марлинский. Он взял этот псевдоним по названию дворцового посёлка Марли (под Петергофом), где стоял его полк. Но это литературный вымысел, а не родовая фамилия. Настоящие носители фамилии Марлинский — это, как правило, потомки духовенства или мелкопоместных дворян, чьи предки получили фамилию по названию своего прихода или имения.