Фамилия Марокова — женская форма фамилии Мароков, и её происхождение напрямую связано с мужским именем или прозвищем Марок. В основе лежит, скорее всего, неканоническое имя Марок, которое в русских говорах могло быть вариантом имени Марк (через народное «Марок») или же производным от глагола «марать» — пачкать, портить. В таком случае Мароком могли прозвать неаккуратного человека или того, кто занимался «мараньем» — например, красильщика или сапожника, работавшего с ваксой.

Суффикс -ов- в фамилии Мароков типичен для русских фамилий, образованных от основ на твёрдый согласный. Он указывает на принадлежность: «сын Марока» или «из рода Марока». Окончание -а в женской форме — стандартное грамматическое изменение.

Интересная деталь: фамилия Мароков (и её женская форма) встречается в основном на Русском Севере и в центральных областях России. В архангельских и вологодских говорах слово «марокий» означало «маркий, легко пачкающийся», что косвенно подтверждает версию о прозвище, связанном с грязью или ремеслом. Встречается также вариант Маро́ков с ударением на второй слог, что может быть связано с местным произношением.

В редких случаях фамилию могли дать по названию населённого пункта — деревни Мароково, которые существовали в Костромской и Вологодской губерниях. Тогда основа — топоним, а фамилия — указание на выходца из этих мест. Но это менее вероятно: такие географические фамилии обычно заканчиваются на -ский.

Однокоренные фамилии — Марокин (с суффиксом -ин, от основ на -а/-я) и Мароковский (с польским или западнорусским суффиксом). Однако Марокова стоит особняком: её северное происхождение и связь с бытовым прозвищем делают её более «народной» и менее книжной, чем фамилии на -ский.