Фамилия Марцофей — одна из тех, что ставит в тупик при первом взгляде. Она не укладывается в привычные славянские модели на -ов, -ин или -ский. Её основа и суффикс заставляют сразу искать ответ за пределами русской ономастики, и он находится в еврейской традиции именования.

Скорее всего, Марцофей — это русифицированная форма еврейской патронимической фамилии, образованной от личного имени. В основе лежит мужское имя Марцеф, Марцоф или Марцофа, которое, в свою очередь, восходит к библейскому имени Мардохей (в русской традиции — Мардохей, Мордехай). В процессе бытового произношения и адаптации к русскому языку «Мардохей» могло превратиться в «Марцохей», а затем, под влиянием местных говоров или при записи, — в «Марцофей». Форма с окончанием -ей типична для еврейских фамилий, которые в Российской империи часто записывали на слух, не особо заботясь о единообразии.

Модель образования фамилии проста: к основе имени прибавился суффикс принадлежности, но не славянский, а скорее семитский или просто окончание, которое в русском языке воспринималось как фамильное. Встречаются варианты написания: Марцофей, Марцофеев, Марцефей. Последний вариант с суффиксом -ев уже прямо указывает на попытку «ославянить» фамилию по образцу «чей? — Марцофеев».

Географически фамилия редкая, но её следы можно найти в черте оседлости — на территории современной Украины, Беларуси и Молдовы, где исторически жили еврейские общины. Носители фамилии, скорее всего, были ремесленниками, торговцами или мелкими арендаторами — теми, кто получал фамилию при переписях в XIX веке. Никакого дворянского или казачьего происхождения у этой фамилии нет — это яркий пример того, как имя героя Пурима (Мордехай) превратилось в фамилию простого человека на востоке Европы.