Фамилия Мартукане — редкая и необычная для русской ономастики. Её звучание выдает нерусское происхождение, и, скорее всего, перед нами фамилия, возникшая в среде народов Кавказа или Закавказья. Основа «Мартукан» или «Мартукани» может быть связана с грузинским или армянским именем Мартун (производное от Мартин) с добавлением местного суффикса принадлежности. В грузинском языке суффикс «-ани» или «-иани» типичен для княжеских и дворянских фамилий (например, Орбелиани, Чавчавадзе), а окончание «-е» в русской передаче — это адаптация к местному склонению. Таким образом, Мартукане — это русифицированная форма грузинской фамилии Мартукани, означающая «принадлежащий Мартуку» или «из рода Мартука».

Если отбросить кавказскую версию, можно предположить, что фамилия связана с прозвищем от диалектного слова «мартук». В некоторых южнорусских говорах «мартук» — это невысокий, коренастый человек, а в других — тот, кто родился в марте (мартовский ребенок). Однако суффикс «-ане» в русском языке нетипичен: обычно фамилии на «-ане» (Болховитинов, Костомаров) образуются от названий мест или народов. Скорее всего, носители фамилии Мартукане — потомки выходцев из Грузии или Армении, которые обрусели, сохранив фамилию в слегка измененном виде.

География фамилии подтверждает эту версию: Мартукане встречается преимущественно в Краснодарском крае, Ставрополье и Ростовской области — регионах, где исторически селились переселенцы с Кавказа. В отличие от типичных русских фамилий на «-ов» или «-ин», эта фамилия не прошла через стандартную модель отчества, а была заимствована как готовая родовая метка. В дореволюционных документах она могла писаться как Мартукани или Мартуканов, но в советское время закрепилась форма без патронимического суффикса.

Словообразовательная модель здесь — это скорее фиксация родового имени, чем прозвища. Если основа «Мартук» восходит к христианскому имени Мартин (через грузинское Мартун), то фамилия означает «потомок Мартина». В таком случае предок носителя фамилии мог быть священником или просто человеком, носившим это имя, которое в Грузии давали в честь святого Мартина Турского. Единственная альтернативная версия — связь с топонимом Мартуни (город в Армении), но тогда фамилия звучала бы как Мартунян или Мартунов. Поэтому основная гипотеза — грузинское происхождение через форму Мартукани — остается самой правдоподобной.