Фамилия Марьянина — это, прежде всего, женская форма фамилии Марьянин. Такое написание закрепилось за женщинами, но в основе своей она хранит память о мужском предке, которого в старину звали Марьян. Само имя Марьян — не что иное, как одна из народных форм имени Мария, а точнее, его производный вариант. В русской традиции имена на -ьян, -яна часто воспринимались как уменьшительно-ласкательные или обиходные формы, поэтому Марьяном могли называть сына, внука или просто человека, чем-то связанного с женщиной по имени Марьяна.

Имя Марьяна, в свою очередь, восходит к библейскому имени Мариам (Марьям). Точный перевод с древнееврейского спорен: по одной из версий, оно означает «отвергнутая, горькая», по другой — «печальная, мятежная». В русском языке основным аналогом стало имя Мария, которое получило особое распространение благодаря тому, что принадлежало матери Иисуса Христа. Это объясняет, почему производных фамилий от Марии и её форм в России очень много: Марьин, Марьянов, Марьяшин, Марьяненко и, конечно, Марьянин.

Суффикс -ин указывает на типичную модель образования: так называемые «материнские» или «семейные» фамилии. В древности, если главу семьи или его жену звали Марьяной, их детей и домочадцев могли называть «Марьянины дети». Позже это притяжательное прилагательное закрепилось как фамилия. Скорее всего, основатель рода Марьяниных был человеком из простого сословия — крестьянином, ремесленником или посадским, поскольку в дворянской среде чаще использовали полные канонические имена, а вот в народной среде бытовали именно такие сокращённые и ласковые формы.

Стоит упомянуть, что фамилия Марьянин встречается реже, чем, например, Марьин или Марьянов, но она не уникальна. Процесс формирования русских фамилий растянулся на несколько столетий, и окончательно говорить о точном месте и времени возникновения рода Марьяниных можно лишь на основании глубоких генеалогических исследований, которые требуют работы с архивными документами, метрическими книгами и ревизскими сказками.