Фамилия Марьянин — редкий пример метронимической фамилии, то есть образованной не от имени отца, а от имени матери. В основе лежит женское имя Марьяна, которое на Руси бытовало как самостоятельная форма от библейского имени Мария. Потомка женщины по имени Марьяна окружающие называли «Марьянин сын» или «Марьянина дочь», и со временем это прозвище закрепилось за родом как фамилия.

Имя Марьяна — один из вариантов древнееврейского Марьям. Точный перевод спорен: чаще всего называют значения «отвергнутая», «горькая», реже — «печальная», «мятежная». Для русского уха привычнее форма Мария, но и Марьяна не была редкостью, особенно в крестьянской и мещанской среде, где имя бытовало в живом обиходе наряду с церковным.

Словообразовательная модель здесь простая и прозрачная: суффикс -ин указывает на принадлежность. Если фамилии на -ов/-ев отвечают на вопрос «чей?» от мужских имён, то -ин чаще присоединялся к основам на -а/-я: Марьяна → Марьянин. Это же правило работает в фамилиях Дарьин, Натальин, Ольгин. Такие метронимические фамилии появлялись в тех случаях, когда мать играла главную роль в семье — например, после смерти мужа или при рождении ребёнка вне брака. Иногда причиной становилась известность самой женщины, чей род был знатнее или уважаемее рода отца.

Путаницу вносит схожая фамилия Марьянов, но это разные образования. Марьянов — отчество от той же основы, но с суффиксом -ов, что типично для мужских имён. Марьянин же встречается заметно реже, и именно эта редкость выдает его живую, неканцелярскую природу: фамилия закрепилась в той форме, в какой её произносили в быту, без подгонки под книжные стандарты.

География фамилии не слишком широка, что тоже говорит о её происхождении: она осела там, где имя Марьяна было в ходу, — в центральных русских губерниях и на юге России. В документах XIX века встречаются написания через одно «н» — Марьянин, и через два — Марьяннин, но нормативным стало первое.

Несмотря на скромное распространение, фамилия Марьянин сохранила память о женщине, давшей ей начало, — а это нечастая черта для русских фамилий, которые в большинстве своём патронимичны.