Фамилия Масальников — наглядный пример того, как географическое название становится родовым. Её основа — топоним Масалы, Масаль, которых в России, Беларуси и Польше насчитывается несколько. Наиболее вероятный источник — деревни Масалы в Смоленской области или в нынешней Беларуси. Житель такой местности получал прозвище Масальник — «выходец из Масалов», а его потомки закрепляли фамилию с типичным русским суффиксом -ов.

Суффикс -ник в основе указывает на человека по месту жительства: аналогично работают модели Тверитин → Тверитинов, Москвин, Вязьмитин. Здесь же — Масальник, то есть «тот, кто из Масалей». Суффикс -ов добавили при оформлении фамилии по патронимическому принципу. Могли писать и Масальников, и Масальникой — в старых переписях встречается вариативность, пока не закрепилась современная форма.

Менее вероятная, но возможная версия — связь со словом «масал» в южнорусских говорах, где так называли крупный кусок, глыбу, или с тюркским «масал» — «пример, образец». Прозвище Масальник мог получить крупный, плотный человек. Однако массовость фамилии именно в западных регионах России и среди смоленских переселенцев на Урал и в Сибирь говорит в пользу топонимического происхождения.

Фамилия встречается в основном в Смоленской, Брянской областях, а также в районах, куда в XVII–XVIII веках переселяли служилых людей из этих мест — в Пермском крае, на Урале. Сословно носители были в основном крестьянами и однодворцами, но встречались и священники, особенно в Смоленской епархии.