Фамилия Машалкина — женская форма мужской фамилии Машалкин. В её основе лежит прозвище Машалка. Первое, что приходит на ум, — связь с диалектным словом «машалка» или «мошалка» (мочалка). В некоторых южнорусских и украинских говорах так называли тряпку, мочалку, пучок соломы для мытья. Однако прозвище из такого бытового предмета — маловероятно: обычно так называли человека неряшливого, неопрятного, «как мочалка». Версия правдоподобная, но не единственная.

Интереснее другой корень: в тех же говорах «машалка» могло означать «мешалка» — палка для перемешивания чего-либо, например, теста или краски. Отсюда прозвище мог получить либо мельник, либо пекарь, либо человек, который постоянно «мешался», то есть вмешивался в чужие дела. Есть и более редкая версия: «машалка» как уменьшительное от имени Машал (арабское «желанный», «желающий»), но в русской среде такое имя встречалось редко, в основном у татар или башкир, и тогда фамилия приобретает тюркский след.

Словообразовательная модель проста: основа Машалк- + суффикс -ин, указывающий на принадлежность (чьих? — Машалкиных). Суффикс -ин в русских фамилиях типичен для прозвищ и имён, оканчивающихся на -а, -я. Фамилия Машалкин — относительно редкая, её носители чаще встречаются в Поволжье (Самарская, Ульяновская области) и в центральных регионах России, что косвенно подтверждает диалектное происхождение — именно там бытовали слова «машалка» и «мошалка». Сословного барьера у фамилии не было: её могли носить и крестьяне, и мещане, поскольку прозвище бытовое, не связанное с дворянским родом.