Фамилия Матекин образована по самой распространённой в русском языке модели — с помощью суффикса -ин, который указывает на принадлежность: «чей?» — Матекин, то есть сын или потомок человека по имени или прозвищу Матека.

В основе лежит имя Матека — уменьшительная форма от канонического имени Матвей (в церковной форме Матфей). Имя это древнееврейского происхождения, означает «дар Яхве» (Божий дар). Уменьшительные формы вроде Матека, Матеша, Матюха были в ходу в крестьянской и мещанской среде, где полные имена в быту почти не употреблялись. По той же модели возникли фамилии Матешин, Матюхин, Матвеев, но Матекин стоит ближе к северным и центральным говорам, где суффикс -ка в личных именах был особенно распространён.

Менее вероятна, но возможна связь с прозвищем Матека, образованным от глагола «мате́ть» — в некоторых диалектах это значит «толстеть, жиреть, набираться сил». В таком случае прозвище могло относиться к крепкому, дородному человеку. Однако ономастическая логика подсказывает, что первично именно имя: прозвищные фамилии на -ин в русском языке встречаются реже, чем отчественные, а имя Матвей было одним из самых частых в дореволюционной России.

Географически фамилия тяготеет к центральным областям России, особенно к бывшим Рязанской, Тамбовской и Нижегородской губерниям. Встречается она нечасто — это редкая фамилия, что говорит о локальном происхождении: скорее всего, родоначальник жил в одном селе или волости, и фамилия не разошлась широко.

С социальной точки зрения, Матекины — это, вероятно, потомки крестьян или однодворцев. Никаких дворянских родов с такой фамилией в родословных книгах не зафиксировано. В XIX веке фамилия могла записываться по-разному: через «а» или «о» в первом слоге (Матекин / Мотекин), но вариант с «а» закрепился как основной.