Фамилия Мацугина — женская форма фамилии Мацугин, и её разбор стоит начать с мужского варианта. Основа «Мацуг» — это нестандартное и довольно редкое прозвище или имя. Скорее всего, оно восходит к диалектному слову «мацуга» или «мацуг». В северных и сибирских говорах так называли молодого медведя, чаще всего годовалого, который уже ходит с матерью, но ещё не самостоятелен. Прозвище Мацуг могли дать человеку за внешнее сходство: неуклюжесть, косолапость, крупное телосложение или, наоборот, за угрюмый, «медвежий» нрав.

Суффикс «-ин» указывает на принадлежность: Мацугин — сын Мацуга. Такая модель типична для русских фамилий, образованных от прозвищ и нецерковных имён, оканчивающихся на согласный или «-а». Фамилия недворянская, скорее всего, крестьянская или мещанская, закрепившаяся в северных и вологодских землях, где слово «мацуг» было в ходу.

Существует и менее вероятная версия: основа может быть связана с глаголом «мацать» (щупать, трогать) или «мацкать» (пачкать, марать). В этом случае прозвище Мацуга дали бы неаккуратному человеку или тому, кто «мацает» руками всё подряд. Но эта гипотеза слабее, так как слово «мацуга» именно в значении «медвежонок» — более устойчивое и подтверждённое диалектологическими источниками. Сравните с однокоренными фамилиями Мацуев, Мацуков — все они редки и тяготеют к северу России.

Фамилия Мацугина — редкая. Встречается в основном в Вологодской, Архангельской и Кировской областях. Носители фамилии, вероятно, потомки охотников или лесных жителей, которые получили прозвище по характерной черте — и уже не по зверю, а по нраву или внешности.