Фамилия Мацюра — редкий случай, когда географическая привязка важнее, чем разбор корня. Это украинская или белорусская фамилия с чётким указанием на западные земли. Суффикс -юра характерен для прозвищ и фамилий на Правобережной Украине (Житомирщина, Хмельничина) и в юго-восточной Беларуси (Гомельщина). Он встречается в фамилиях Гончарюра, Ковалюра, Шевчура и означает принадлежность к определённому роду занятий или имени, но с оттенком уменьшительности или пренебрежения — что-то вроде «маленький Мацей» или «сын Мацея».

Основа Мац- — это польская и западноукраинская форма имени Матвей (Mateusz, сокращённо Maciej, а в бытовом произношении — Мацьо, Мацюра). Имя Матвей пришло из древнееврейского Маттитьягу — «дар Яхве». В украинской народной традиции имя Мацей стало самостоятельным, и от него образовали множество уменьшительных форм. Мацюра — как раз одна из них, с суффиксом -юр-, который в украинском языке часто придаёт прозвищный оттенок: так могли назвать невысокого, юркого или просто младшего в семье Мацея.

Вторая, менее распространённая версия выводит Мацюру из польского maciora («свиноматка») или диалектного мацюра («крупная свинья»). Но это маловероятно: фамилии от названий домашних животных обычно звучат грубее (Мацёра, Свинарчук) и не имеют такого чёткого антропонимического суффикса. Скорее всего, это народная этимология, возникшая из-за случайного созвучия.

В метрических книгах XIX века фамилия Мацюра встречается среди крестьян и мещан Волынской и Киевской губерний. Дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано — это фамилия простого сословия, что подтверждает её прозвищное происхождение от личного имени. Носители фамилии сейчас живут в основном в Украине, Беларуси и среди потомков эмигрантов в Канаде и США.

Сравнение с однокоренными фамилиями — Мацюк, Мацюта, Мацюренко — показывает, что все они образованы от одного корня Мац- с разными суффиксами. Мацюра выделяется на их фоне именно западноукраинским суффиксом -юр-, который в других регионах заменялся на -юк (Мацюк) или -енко (Мацюренко). Так что по фамилии можно примерно определить, откуда родом предки: Мацюра — скорее с Волыни или Подолья, чем с Левобережья.