Имя Матусей представляет собой производную форму имени Матвей (Матфей), которое в переводе с древнееврейского означает «дарованный богом». Скорее всего, основатель рода Матусеевых был человеком из простого сословия. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Матусей, со временем получил фамилию Матусеев.