Фамилия Матусеевы происходит от старинного русского имени Матусей — одной из народных форм канонического имени Матвей. В переводе с древнееврейского Матфей означает «дарованный Богом», и это значение сохранилось за всеми производными формами. Потомки человека по имени Матусей со временем стали писаться Матусеевыми, то есть буквально «детьми Матусея».

Сама модель образования типична для русских фамилий: к основе, оканчивающейся на мягкий согласный, добавляли суффикс -ев. Такой же путь прошли фамилии Андреев, Корнеев или Тимофеев. Интересно, что имя Матусей, в отличие от более привычного Матвей, бытовало в основном в крестьянской и мещанской среде, особенно на юге России и в белорусских землях. Поэтому фамилия Матусеев встречается чаще у потомков выходцев из этих регионов, чем в северорусских областях.

О точном месте и времени возникновения фамилии говорить сложно: процесс формирования русских фамилий растянулся на несколько столетий, с XV по XVIII век. Однако сам факт, что в основе лежит не полное церковное имя, а его обиходная форма, говорит о том, что фамилия закрепилась в среде, где живую речь ценили выше, чем строгую документальную запись. Сейчас фамилия Матусеевы остается довольно редкой, но её носители есть и в России, и в странах ближнего зарубежья.

Сравнение с однокоренными фамилиями — Матвеев, Матюшев, Матусов — показывает, что все они восходят к одному источнику, но разошлись по диалектным произношениям. Матусеев — наиболее архаичный вариант, сохранивший древнюю форму имени, которая почти вышла из употребления в живой речи. Таким образом, фамилия служит своеобразным памятником славянской письменности и культуры, запечатлевшим звучание русского имени четырёхвековой давности.